На площі в майже 40 тисяч гектарів знаходиться 2 лісових заказника, 10 гідрологічних заказників місцевого значення та 4 ботанічні пам'ятки природи місцевого значення.
43% загальної площі займають болота, крім того район має досить значну сітку річок. Ці фактори сприяють тому, що в парку представлено унікальний рослинний покрив з помітним переважанням водних рослин. Ліси та чагарники займають 51% території. Переважно це хвойні або вільхові ліси, в меншій кількості зустрічаються грабово-дубові та березняки. Загалом флору формують близько 550 видів вищих судинних рослин, серед них 21 вид занесений до Червоної книги України.
Приблизно таким же є і видове різноманіття фауни. Із них 28 є представниками червонокнижних тварин, 8 Червоного списку Європи і 2 належать до Червоної книги МСОП.
На території НПП «Прип'ять-Стохід» знаходиться значна кількість історичних та архітектурних пам’яток, розвивається сільський еко-туризм та водні маршрути.
