На початку XIX століття церква припинила своє існування. З 1833 по 1920 роки причет складався лише з паламаря Якова Флоревського, який був відлучений від греко-католицької церкви за перехід в московське православ’я. Церква перейшла на парафіяльний статус під покровительство Московського патріархату. В середині XIX століття до західного фасаду була добудована нова класицістична дзвіниця, а глухий аркатурний пояс під карнизом був знищений. З 1920 року церква належала Українській автокефальній православній церкві, в 1970-і роки була закрита радянською владою. З 1990-х років богослужіння проводяться під патронатом сучасної УПЦ.
В храмі збереглося кілька ікон ХVІІ ст., серед яких вирізняються намісні Спаситель і Богородиця у майстерних срібних ризах.
Тріснувший дзвін церкви, що був відлитий в 1572 році, поповнив експозицію Дубненського краєзнавчого музею.
Постановою Кабінету Міністрів України від 14.06.1993 р. № 444 Спасо-Преображенську церкву передано на баланс Дубенського державного історико-культурного заповідника.
