Святі гори являють собою крейдяні виступи, які відомі з 1526 року. Однак перші поселення тут з’явилися ще в часи Київської Русі, й першим печерам уже понад 1000 років. У різні періоди це місце слугувало укриттям то від іконоборців, то від монголо-татар, а в 16–17 століттях сюди переселялися ченці з Почаївської лаври, захопленої уніатами. Понад 2 століття – із середини 16-го століття до 1788 року – монастир слугував місцем дислокації військової сторожі Московського царства. Своє релігійне значення Святі гори повернули лише в 1844 році.
Згодом тут побудували Успенський собор і Покровську церкву з дзвіницею, ризницею, бібліотекою та архівом. За радянських часів комплекс монастиря переобладнали під будинок відпочинку з кінотеатром в Успенському соборі. Лише в 1980 році пам’ятку визнали Державним історико-архітектурним заповідником, а у 2004 році надали статус лаври.
Сьогодні до комплексу лаври входять:
- Успенський собор;
- Покровський храм;
- Миколаївський храм на Святій Скелі;
- Печерна церква Різдва Іоана Предтечі – перша церква монастиря, що спочатку називалася Успенською. - Від неї починаються коридори хідників і келій, що ведуть трапезної та верхнього рівня печер;
- Печерний храм Преподобного Алексія, людини Божої;
- Печерний храм Преподобних Антонія і Феодосія Печерських;
- Церква Різдва Пресвятої Богородиці;
- Храм Святих мучениць Віри, Надії, Любові та матері їх Софії;
- Комплекс Ближніх та Дальніх Печер.
