Построенная на средства графа И.А. Безбородко она стала 4-м высшим учебным заведением на территории современной Украины. Первыми 17-ю гимназистами были дети нежинских дворян возрастом 8-12 лет с разным уровнем подготовки. В расписании были Закон Божий, арифметика, география, черчение, чистописание, языка. Уроки начинались с 8 утра до 12, дальше был двухчасовой перерыв, а после него еще 2 занятия до 16:00. Домашнее задание выполнялось вечером под наблюдением инспекторов.
Полный курс обучения в Гимназии длился 9 лет.
Значительный вклад в построение системы обучения и развитие гимназии внес ученый-энциклопедист И.С. Орлай. В разные годы здесь учились Н.В.Гоголь, Н.В. Забила, Е.П. Гребинка, Н.В.Кукольник, Я.П. де Бальмен и другие.
После «дела о свободомыслие» на базе гимназии переоборудовали физико-математический лицей, который впоследствии стал юридическим, а в последующие годы до 1995 года заведение действовало как Историко-филологический институт, Институт народного образования, педагогический институт им. Гоголя. В 2004 году убрали статус педагогического и сейчас имеем Нежинский Государственный университет им. Николая Гоголя.
На 7 факультетах университета сегодня действует 28 кафедр и обучается более 3000 студентов.
Университет состоит из 2х основных корпусов. Старый корпус был возведен в 1820 году в классическом стиле по проекту академика архитектуры Луиджи Руска. Новый появился уже в советское время.
Университет имеет библиотеку, основанную еще в 1820-х годах, в уникальной коллекции которой находится более 1 миллиона изданий, среди которых около 100 000 редкие образцы 16-19 вв. Сейчас здесь действует Музей редкой книги. Кроме него, в университете находится музей истории Нежинской высшей школы, музей имени Николая Гоголя, картинная галерея; музеи естественнонаучного цикла: зоологический музей, ботанический музей, геологический музей; комната-музей «Они защищали Отечество». Вокруг университета разбит парк, а также работает ботанический сад.
