Почти 70 лет костел выполнял свою главную миссию – был местом для молитв и церковных событий. Но когда на земли Подолья пришли татары и турки, судьба собора изменилась, он пережил многочисленные разрушения. Интересно, что в конце своего правления здесь турки использовали здание по назначению, оборудовав внутри мечеть. После того как завоеватели ушли, много зданий были сожжены, и к сожалению костел постигла такая же участь.
Уже к 1728 году восстановленный костел освятили, но в этот раз его спланировали и построили из камня, а архитектурный стиль, который был выбран, напоминал тосканское барокко. В дальнейшем сооружение долгое время было в прекрасном состоянии, использовалось сугубо по назначению, но пришла советская власть… В начале 30-х годов 20 века в помещениях церкви оборудовали хранилища для зерна, а чуть позже часть костела заняли кузнецы.
Как ни странно, но немцы, оккупировавшие Хмельник, первым делом восстановили работу костела. В годы их присутствия (1941–1943 гг.) костел обрел новое церковное значение, и уже с тех времен службы тут не прекращаются. В начале 70-х годов случилось еще одно важное событие – в здании костела был установлен орган, подаренный жителями Риги. Сегодня Троицкий Костел – настоящее украшение города, исторический и архитектурный памятник.
