На сегодняшний день коллекция музея составляет более 110 тысяч музейных предметов, из которых более сотни связаны с историей казачества. Сегодняшняя музейная экспозиция расположена в 22-х залах отделов природы, археологии и истории.
Среди них такие реликвии как клейноды, холодное и огнестрельное оружие, корабельные пушки и якоря, предметы быта запорожцев, монеты, документы XVIII в. Археологическая коллекция в Запорожье является одной из крупнейших среди областных музеев Украины. Особый интерес представляют уникальные памятки эпохи бронзы и скифского времени, периодов черняховской культуры и средневековья. Большой является и коллекция времен освободительной борьбы и крестьянского движения под руководством Нестора Махно, строительства Днепрогэса, Второй мировой войны и послевоенного восстановления промышленного комплекса Запорожья. Многонациональная культура Запорожского края от его заселения в XVIII-XIX вв. представлена в залах «Заселение Запорожского края». Залы отдела природы привлекают многочисленными экспонатами флоры и фауны, степии, леса и Азовского моря.