Монастир заснували афонські монахи на початку XVII ст., і протягом кількох століть він був впливовим релігійним центром Полісся.
Для облаштування монастиря був обраний порослий густим лісом острів, утворений вигином р. Удай і болотом. Розташування в важкодоступній місцевості, а також система оборонних споруд з ровом і стінами надавали монастирю важливе стратегічне значення. Він використовувався в якості бази повстанців під час народних повстань проти шляхти, в результаті чого був зруйнований. Відродженням 1639 р. займався київський митрополит Петро Могила, а пізніше обитель потрапила під опіку українських гетьманів. На території розташований білокам'яний пятиглавий Троїцький собор (1672-76 рр.) в стилі бароко, заснований гетьманом І. Самойловичем, трапезна Воскресенська (кол. Успенська) церква (1695 р.), зведена на кошти гетьмана Івана Мазепи, а також ніжно-рожева Петропавлівська церква (1693-1708 рр.) з п'ятьма главами. При Катерині II монастир був закритий, але через пів-століття знову відновлений на кошти князя М. Рєпніна (похований у Воскресенській церкві).
У монастирі був створений Густинський літопис (1600-40 рр.) – перший узагальнюючий твір з історії України, де сполучається світська і агіографічна історія Русі. Тут бував Тарас Шевченко.
Відвідувачам слід обов'язково помолитися у чудотворної ікони Смоленської Богородиці, придбати надзвичайно смачні пряники та варення, що виготовляються у монастирі, покататися на тарзанці над ставком.
