Протягом століть вона пережила безліч битв і постійно переходила під управління різних державах. Але жодним завойовникам не вдалося заволодіти замком з першого штурму, тільки після тривалої облоги.
У XIV столітті Хотинська фортеця потрапила під владу Молдавського князівства на чолі з воєводою Стефаном ІІІ, який збільшив територію замку в 3 рази, розділивши її на 2 частини: Княжий Двір і Двір воїнів; звів масивні стіни до 40 метрів у висоту і 6 метрів в ширину. Цікаво, що на стінах до сих пір збереглися християнські символи, які за віруваннями людей повинні були захищати фортецю.
Тоді ж побудували Комендантський замок, прорили підземні ходи, для зберігання зброї і провіанту. Кожна з башт, що з'єднують стіни фортеці, мали свої функції: Північна — найбільша і головна, Ковальська для кування зброї, Комендантська з кабінетом коменданта і вежа Смертників, висотою в 45 метрів, звідки скидали ворогів.
До 1621 року Хотинська фортеця встигла побувати і Резиденцією молдавських правителів, і яничарським гарнізоном, і володіннями поляків. Але в 1621 році в результаті Хотинської битви, коли козацько-литовсько-польські війська перемогли турецько-татарську армію, Хотин став частиною Османської імперії.З того часу було ще 2 Хотинський битви. Влада над замком постійно передавалася між поляками, молдаванами, росіянами і турками. Останні вирішили перетворити фортецю в головний форпост на Дністрі, для захисту від Московії. Щоб посилити оборонні спроможності, вони звели Нову фортецю навколо старого замку, насипали земляні вали, створили бастіони й широкі рови. Тоді ж на території звели мечеть і турецьку лазню.
По закінченню російсько-турецької війни в 1812 році Хотинська фортеця перейшла у володіння Російської імперії і незабаром втратила своє оборонне значення.
Зараз в заповіднику постійно проводять екскурсії і працюють виставки зброї та військової техніки, археологічних знахідок різних епох, знарядь тортур і художніх робіт присвячених фортеці.
Періодично тут проводять фестивалі і знімають фільми. З найвідоміших «Захар Беркут», «Д'Артаньян і три мушкетери».
