На протяжении веков она поведала множество битв и переходила под управление разным государствам, но ни одним завоевателям не удалось завладеть замком с первого штурма, только после длительной облоги.
В XIV столетии Хотинская крепость попала во власть Молдавского княжества во главе с воеводой Стефаном ІІІ, который увеличил территорию замка в 3 раза, разделив ее на 2 части: Княжий Двор и Двор воинов; возвел массивные стены до 40 метров в высоту и 6 метров в ширину. Интересно, что на стенах до сих пор сохранились христианские символы, которые по верованиям людей должны были защищать крепость.
Тогда же построили комендантский замок, прорыли подземные хода, для хранения оружия и провианта. Каждая из башен, соединяющих стены крепости, имели свои функции: Северная — самая большая и главная, Ковальская для ковки оружия, Комендантская с кабинетом коменданта и башня Смертников, высотой в 45 метров, откуда сбрасывали врагов.
До 1621 года Хотинская крепость успела побывать и Резиденцией молдавских правителей, и янычарским гарнизоном, и владениями поляков. Но в 1621 году в результате хотинской битвы, когда казацко-литовско-польские войска победили турецко-татарскую армию, Хотин стал частью Османской империи. С того времени было еще 2 Хотинские битвы. Власть над замком постоянно передавалась между поляками, молдаванами, русскими и турками. Последние решили превратить крепость в главный форпост на Днестре, для защиты от Московии. Чтобы усилить оборонные способности, они возвели Новую крепость вокруг старого замка, насыпали земляные валы, создали бастионы и широкие рвы. Тогда же на территории возвели мечеть и турецкую баню.
По окончанию русско-турецкой войны в 1812 году Хотинская крепость перешла во владения Российской империи и вскоре утратила свое оборонное значение.
Сейчас в заповеднике постоянно проводят экскурсии и работают выставки оружия и военной техники, археологических находок разных эпох, орудий пыток и художественных работ посвященных крепости.
Периодически здесь проводят фестивали и снимают фильмы. Из самых известных «Захар Беркут», «Д’Артаньян и три мушкетера».
