Назву храм отримав завдяки тому, що в народі давні п'ятибанні дерев'яні святині називали козацькими і освячували на честь Святої Покрови або Архангела Михайла. У першій половині ХІХ ст. до церкви були прибудовані низькі прямокутні приміщення, зроблено розпис. У 1936 р. Свято-Михайлівську церкву закрили, дзвіницю знівечили, церковний інвентар знищили і влаштували в храмі колгоспний склад. Лише в 1941 р. під час німецької окупації святиню відродили. Вона діяла впродовж всього радянського післявоєнного періоду, а захищала її охоронна грамота пам'ятника архітектури XVIII ст.
Сьогодні Михайлівська церква вважається одним з кращих творів подільської школи дерев'яного зодчества.
