Название храм получил благодаря тому, что в народе древние пятиглавые деревянные святыни называли казацкими и освящали в честь Святой Покровы или Архангела Михаила. В первой половине XIX в. к церкови были пристроены низкие прямоугольные помещения, сделана роспись. В 1936 г. Свято-Михайловскую церковь закрыли, колокольню изуродовали, церковный инвентарь уничтожили и устроили в храме колхозный склад. Лишь в 1941 г. во время немецкой оккупации святыню возродили. Она действовала на протяжении всего советского послевоенного периода, а защищала ее охранная грамота памятника архитектуры XVIII в.
Сегодня Михайловская церковь считается одним из лучших произведений подольской школы деревянного зодчества.
