Її власник, міський голова Миколаєва Микола Леонтович мав 75 акваріумів із найкращим обладнанням. У 1918 році акваріум був націоналізований. У 1925 році тут з’явився ще один відділ із тваринами, частину з яких завезли з Асканії-Нови. Тоді це місце стало називатися Аквапарк-зоосад.
Під час Другої світової війни тварини дуже постраждали, але згодом колекція мешканців почала збільшуватися. У 1948 році Аквапарк-зоосад переіменували на Миколаївський зоопарк. У 50-х роках сюди завезли пум, снігового барса, білих та гімалайських ведмедів та індійську слониху, яку Микиті Хрущову подарував Джавахарлал Неру.
У 1978 році зоопарк переїхав на нове місце, бо попередня територія була занадто маленькою. У 2000-х роках настав новий етап розвитку Миколаївського зоопарку. Тут відкрили площу з пам’ятником засновнику, літні вольєри для хижаків та вольєри для домашніх тварин «Дідова хата», один із найбільших авіаріїв в Україні «Сад живих тропічних метеликів», встановили скульптури мармурових левів, привезених із Китаю, та «Пам’ятний знак співдружності зоопарків світу» тощо. У 2003 році Миколаївський зоопарк став першим в Україні, який включили до Всесвітньої асоціації зоопарків та акваріумів. Він має найбільшу колекцію тварин в Україні, що становить понад 5700 тварин біля 500 видів та входить у трійку кращих у Європі за видовим розмаїттям.
Зірка Миколаївського зоопарку — алігатор Вася, якому 74 роки. Він найстаріший міссісіпський алігатор у світі, який живе в неволі, та занесений у Книгу рекордів України.
