Ее владелец, мэр Николаева Николай Леонтович имел 75 аквариумов с лучшим оборудованием. В 1918 году аквариум был национализирован. В 1925 году здесь появился еще один отдел с животными, часть из которых привезли из Аскании-Новы. Тогда это место стало называться Аквапарком-Зоосадом.
Во время Второй мировой войны животные сильно пострадали, но впоследствии коллекция жителей начала расти. В 1948 году Аквапарк-зоосад был переименован в Николаевский зоопарк. В 50-х годах сюда завезли пум, снежного барса, белых и гималайских медведей и индийскую слониху, которую Никите Хрущеву подарил Джавахарлал Неру.
В 1978 году зоопарк переехал на новое место, потому что предыдущая территория была слишком маленькой. В 2000-х годах наступил новый этап развития Николаевского зоопарка. Здесь открыли площадь с памятником основателю, летние вольеры для хищников и вольеры для домашних животных «Дедова хата», один из крупнейших авиариев в Украине «Сад живых тропических бабочек», установили скульптуры мраморных львов, привезенных из Китая, и «Памятный знак содружества зоопарков мира» и т.д. В 2003 году Николаевский зоопарк стал первым в Украине, который был включен во Всемирную ассоциацию зоопарков и аквариумов. У него самая большая коллекция животных в Украине, которая составляет более 5700 животных около 500 видов и входит в тройку лучших в Европе по видовому разнообразию.
Звезда Николаевского зоопарка – аллигатор Вася, которому 74 года. Он старейший миссисипский аллигатор в мире, живущий в неволе и занесенный в Книгу рекордов Украины.
