Це одна з найстаріших книжкових колекцій в Україні. Її формування почалося ще з 1820 року. Коли меценат граф О. Г. Кушелєв-Безбородько подарував новоствореному університету, тоді Гімназії вищих наук 2500 книг з родинної бібліотеки. Пізніше фонди поповнювалися за рахунок подарунків благодійників та придбань коштовних стародруків та зібрань праць професорів світових універститетів. Музей названо на честь одного з засновників професора Григорія Петровича Васильківського.
Сьогодні у 2х музейних залах на другому поверсі старовинної будівлі колишнього купецького зібрання на вулиці Гоголівська демонструються кілька тисяч експонатів. Серед них рідкісні видання козацьких літописів 17-18 ст, праці перших українських істориків: Д. Бантиш - Каменського, М. Маркевича, Г. Куліша тощо. Цінними експонатами є перше видання «Слова о полку Ігоревім»; запрестольне Євангеліє 1689 року з Ніжинського Благовіщенського монастиря, вагою близько 18 кг з кольоровими ілюстраціями та позолоченими заголовками; повний комплект видання книги «Подорож навколо світу» мореплавця з Ніжина Юрія Лисянського.
Величезну цінність мають також українські та російські стародруки 17 ст, серед яких твори П. Могили, Л.Барановича, С Яворського, П. Сковороди тощо. Крім того, в музеї зберігається колекція палеотипів першої половини 16 століття грецькою та латинською мовами, зокрема найстаріше видання бібліотеки – твори Платона 1516 року. У 2008 році подивитися на цю колекцію приїздив навіть президент Греції Карлос Папуліас.
На постійній основі у музеї ім. Васильківського діє виставка присвячена життю та творчості українського філософа, поета, вченого-педагога та релігійно-духовного діяча митрополита Стефана Яворського, дитинство якого також пов’язано з Ніжином. А в 2018 році відкрилася меморіальна кімната Ю. Лисянського.
На сьогодні музей рідкісної книги в Ніжині є єдиним в регіоні, що має колекцію такого рівня та проводить дослідження та реставрацію колекційних видань.
Екскурсії в музей проводяться за попереднім записом.
