Это одна из старейших книжных коллекций в Украине. Ее формирование началось еще с 1820 года, когда меценат граф А. Г. Кушелев-Безбородко подарил новому университету, тогда Гимназии высших наук, 2500 книг из семейной библиотеки. Позже фонды пополнялись за счет подарков благотворителей и приобретений ценных старопечатных книг и собраний работ профессоров мировых университетов. Музей назван в честь одного из основателей профессора Григория Петровича Васильковского.
Сегодня в 2х музейных залах на втором этаже старинного здания бывшего купеческого собрания на улице Гоголевская демонстрируются несколько тысяч экспонатов. Среди них редкие издания казацких летописей 17-18 вв, работы первых украинских историков Д. Бантыш - Каменского, М. Маркевича, Г. Кулиша и др. Ценными экспонатами являются первое издание «Слова о полку Игоревом»; запрестольное Евангелие 1689 из Нежинского Благовещенского монастыря, весом около 18 кг с цветными иллюстрациями и позолоченными заголовками; полный комплект издания книги «Путешествие вокруг света» мореплавателя из Нежина Юрия Лисянского.
Огромную ценность имеют также украинские и российские старопечатные книги 17 в, среди которых произведения П. Могилы, Л.Барановича, С Яворского, П. Сковороды и тому подобное. Кроме того, в музее хранится коллекция палеотипов первой половины 16 века на греческом и латинском языках, в том числе старейшее издание библиотеки – произведения Платона 1516 года. В 2008 году посмотреть на эту коллекцию приезжал даже президент Греции Карлос Папулиас.
На постоянной основе в музее им. Васильковского действует выставка посвященная жизни и творчеству украинского философа, поэта, ученого-педагога и религиозно-духовного деятеля митрополита Стефана Яворского, детство которого также связано с Нежином. А в 2018 году открылась мемориальная комната Ю. Лисянского.
Сегодня музей редкой книги в Нежине является единственным в регионе, имеет коллекцию такого уровня и проводит исследования и реставрацию коллекционных изданий.
Экскурсии в музей проводятся по предварительной записи.
