У геологічному плані територія є унікальною в світі. Колись це був бар’єрний риф міоценового моря. Подільські товтри, що являють собою гористу гряду, утворені шляхом нашарування різних морських організмів, що забезпечує сприятливі умови для зростання тут низки реліктових та рідкісних рослин. З метою їх збереження у 1977 році, власне, і було створено ботанічний заказник «Товтра Вербецька», загальною площею 9,3 гектари.