У 1760 році з ініціативи Ніжинського грецького братства та за грошової допомоги Івана Мазепи почалася відбудова мурованого храму, що вже існував тут на місці колишньої дерев’яної церкви. Але через суперечки всередині грецької громади цей процес затягнувся, і Храм Всіх Святих відкрили лише в 1805 році. Чернігівський архітектор Антон Карташевський будував церкву вже за новим проєктом у балканському стилі з елементами класицизму. Спочатку заклали великі підвали, які греки використовували для зберігання своїх товарів. Храм мав чотириярусну дзвіницю, що була найвищою спорудою в Ніжині на той час. Інтер’єр прикрашав срібний іконостас, виконаний грецькими майстрами. Ні дзвіниця, ні іконостас, на жаль, не збереглися. Зараз у церкві встановили дерев’яний іконостас авторства ніжинського художника Олександра Кошеля.
У 30–50 роки грецький комплекс зазнав значних руйнувань від радянської влади. У 1960 році Всіхсвятську церкву закрили. Відновила свою роботу вона лише в 1994 році й зараз є другим кафедральним собором Чернігівської єпархії Православної церкви України.
