В 1760 году по инициативе Нежинского греческого братства и с денежной помощью Ивана Мазепы началось восстановление каменного храма, уже существовавшего здесь на месте бывшей деревянной церкви. Но из-за споров внутри греческой общины этот процесс затянулся, и Храм Всех Святых был открыт только в 1805 году. Черниговский архитектор Антон Карташевский строил церковь уже по новому проекту в балканском стиле с элементами классицизма. Сначала заложили большие подвалы, которые греки использовали для хранения своих товаров. Храм имел четырехъярусную колокольню, которая была самым высоким сооружением в Нежине того времени. Интерьер украшал серебряный иконостас, выполненный греческими мастерами. Ни колокольня, ни иконостас, к сожалению, не сохранились. Сейчас в церкви установлен деревянный иконостас авторства нежинского художника Александра Кошеля.
В 30–50 годы греческий комплекс подвергся значительным разрушениям от советской власти. В 1960 году Всехсвятскую церковь закрыли. Возобновила свою работу она только в 1994 году и сейчас является вторым кафедральным собором Черниговской епархии Православной церкви Украины.
