В состав музея входят дом медика, музей-аптека, мемориальный парк и сад, в котором сохранились посаженные хирургом деревья.
Храм-некрополь (пер. 2-й Вишневского, 16) возведен над усыпальницей, в которой благодаря уникальной технологии бальзамирования сохранено тело Николая Пирогова. После смерти ученого его вдова Александра Антоновна приобрела участок земли на деревенском кладбище, где построила склеп. Впоследствии здесь построили церковь и освятили ее в честь св. Николая Чудотворца. Храм является составной частью Национального музея-усадьбы Н. И. Пирогова.
