Храм збудований в місті Кілія, яке в давнину греки називали Ахіллея. Напівпідземна церква була зведена у 1485 році, на самому початку періоду турецького панування на Дунаї. Турки вимагали, щоб православні храми не перевищували по висоті мечеті (за іншою версією – яничара на коні). Щоб споруда зберегла функціональність, будівельникам довелося заглибити її у землю більш ніж на два метри. Нинішнього вигляду храм набув у 1891 році, коли до нього прибудували високу дзвіницю.