Ранні записи про святиню датуються ще 1292 роком. Місто страждало і від навали татар, і від пожеж, і від епідемій з повенями. Тому мури тих часів до наших днів не збереглися, але літопис говорить, що у дворі поруч з храмом знаходилася княжа скарбниця .
Цінності церкви додає те, що архітектор, ім'я якого невідоме, спроектував її у вигляді рівнораменного хреста. На сьогоднішній день від старовинної церкви залишилися лише фрагменти стін, майже не збереглися фрески і прикраси. Однак деякі реліквії все ж уціліли.
Антіохійський патріарх Йоахим, будучи в місті, презентував церкві частку мощей Святого Миколая. Також тут знаходяться старовинні ікони Святого Миколая Чудотворця і Святого Тоедора Тиронського, яка раніше була власністю знищеного храму Святого Теодора.
Протягом 1700-1946 рр. святиня перебувала під греко-католицькою церквою. Але в 1946-му храм потрапив під юрисдикцію Московського патріархату РПЦ. У 1989-му парафіяни і священики одноголосно вирішили, що храм Святого Миколи повинен належати Українській автокефальній православній церкві.
