Ранние записи о святыне датируются еще 1292 годом. Город страдал и от нашествия татар, и от пожаров, и от эпидемий с наводнениями. Поэтому укрепления тех времен до наших дней не сохранились, но летопись гласит, что во дворе рядом с храмом находилась княжеская казна.
Ценности церкви придает то, что архитектор, имя которого неизвестно, спроектировал ее в виде равнораменного креста. На сегодняшний день от старинной церкви остались лишь фрагменты стен, почти не сохранились фрески и украшения. Однако некоторые реликвии все же уцелели.
Антиохийский патриарх Йоахим, будучи в городе, презентовал церкви частицу мощей Святого Николая. Также здесь находятся старинные иконы Святого Николая Чудотворца и Святого Тоедора Тиронского, которая раньше была собственность уничтоженного храма Святого Теодора.
На протяжении 1700-1946 гг. святыня находилась в ведении грекокатолической церкви. Но в 1946-м храм попал под юрисдикцию Московского патриархата РПЦ. В 1989-м прихожане и священники единогласно решили, что храм Святого Николая должен принадлежать Украинской автокефальной православной церкви.
