Заповідник об’єднує 31 пам’ятку національного значення. 6 з них представляють домонгольський період і є одними з найстаріших у Східній Європі.Найближчим часом планується їм внесення до Списку всесвітньої спадщини ЮНЕСКО.
До комплексу заповідника входять пам’ятки часів Київської Русі, що знаходяться на території Дитинця-Валу – Спасо-Преображенський та Борисоглібський собори; П’ятницька церква на Красній площі; Троїцько-Іллінський та Єлецький монастир, курганний некрополь 9-10 століття, що в списку найбільших в Європі, Антонієві печери, будівля чернігівського колегіуму – першого навчального закладу підвищеного рівня у Лівобережній Україні та інші.
Також заповідник має низку цінних колекцій, зокрема:
- – ікон, яка відображає іконописне малярство регіону 17-19 століття і є найбільшою в своєму роді;
- – рідкісна для України колекція архітектурного дерев’яного різьблення 19-початку 20 століття;
- – архітектурно-будівельних матеріалів починаючи з часів Київської Русі;
- – стародруків 16-19 століть;
- – одягу та фрагментів фрескового розпису 11-13 століть;
- – українських рушників;
- – документів та фото тощо.
