Заповедник объединяет 31 памятник национального значения. 6 из них представляют домонгольский период и являются одними из старейших в Восточной Европе. В ближайшее время планируется внесения их в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.
В комплекс заповедника входят памятники времен Киевской Руси, находящиеся на территории Детинца-Вала – Спасо-Преображенский и Борисоглебский соборы; Пятницкая церковь на Красной площади; Троицко-Ильинский и Елецкий монастырь; курганный некрополь 9-10 века, один из крупнейших в Европе; Антониевы пещеры; здание Черниговского коллегиума - первого учебного заведения повышенного уровня в Левобережной Украине и другие.
Также заповедник имеет ряд ценных коллекций, в частности:
- – икон, которая отражает иконописную живопись региона 17-19 века и является крупнейшей своем роде;
- – редкая для Украины коллекция архитектурной деревянной резьбы 19-начала 20 века;
- – архитектурно-строительных материалов начиная со времен Киевской Руси;
- – старопечатных книг 16-19 веков;
- – одежды и фрагментов фресковой росписи 11-13 века
- – фото и документов и т.д.
