Его основателем стал известный иерарх, ученый и философ Стефан Яворский. На строительство святыни Стефана вдохновил Иван Мазепа, на средства которого в те времена строили ряд церквей в разных уголках Украины. Кстати, со строительством Благовещенского собора он тоже немного помогал.
Возведение собора продолжалось 14 лет. Его архитектура представляет собой сочетание барокко и древнерусского стиля. Отделку здания и шикарный семиярусный иконостас делали преимущественно местные мастера. Особое место среди икон занимает триумфальный портрет царя Петра Великого, посвященный его победе в Полтавской битве.
2 года Яворский добивался у Петра I разрешения освятить храм, пока наконец в 1716 году лично освятил собор и решил сделать при нем монастырь. Церковь стала второй по значимости в Нежине после Николаевского собора. Несколько лет здесь хранилась библиотека Яворского, которую впоследствии перевезли в Харьков.
Во второй половине 18 века здание несколько раз страдало от пожаров. Наиболее разрушительным оказался пожар 1797 года. После него монастырь хотели закрыть, но городское население решило восстановить святыню. В первой четверти 19 века восстановили сгоревшие строения, построили теплую Петро-Павловскую церковь с колокольней, каменные торговые ряды, игуменский корпус с трапезной.
В 1907 году монастырь стал средоточием черносотенного «Союза русского народа». В советское время собор разграбили, изуродовали и использовали как склад. Монастырь возобновил свою работу только в 1999 году.
