Його засновником став відомий ієрарх, вчений і філософ Стефан Яворський. На зведення святині Стефана надихнув Іван Мазепа, на кошти якого в ті часи будували низку церков у різних куточках України. До речі, з будівництвом Благовіщенського собору він теж трохи допомагав.
Зведення собору тривало 14 років. Його архітектура являє собою поєднання бароко та давньоруського стилю. Оздоблення будівлі й шикарний семиярусний іконостас робили переважно місцеві майстри. Особливе місце серед ікон посідає тріумфальний портрет царя Петра Великого, присвячений його перемозі в Полтавській битві.
2 роки Яворський домагався в Петра І дозволу освятити храм, аж поки нарешті в 1716 році особисто освятив собор і вирішив зробити при ньому монастир. Церква стала другою за значущістю в Ніжині після Миколаївського собору. Кілька років тут зберігалася бібліотека Яворського, яку згодом перевезли до Харкова.
У другій половині 18 століття будівля кілька разів страждала від пожеж. Найбільш руйнівною виявилася пожежа 1797 року. Після неї монастир хотіли закрити, але міське населення вирішило відновити святиню. У першій чверті 19 століття відновили згорілі будівлі, збудували теплу Петро-Павлівську церкву з дзвіницею, кам’яні торгові ряди, ігуменський корпус із трапезною.
У 1907 році монастир став осередком чорносотенного «Союзу російського народу». За радянських часів собор розграбували, понівечили та використовували як склад. Монастир відновив свою роботу лише в 1999 році.
