В 1559 году на территории святыни произошла настоящая война. Польский политический деятель Лукаш Гурка решил забрать из монастыря княгиню Речи Посполитой Гальшку Острожскую, которую считал своей женой. В ход пошла артиллерия. Военные действия парализовали даже торговлю в городе на несколько недель. Осада прекратилась, когда был поврежден водопровод, идущий к монастырю. Лукаш добился своего.
В 1748 году Доминиканский костел пришлось демонтировать, потому что он был в полуразрушенном состоянии. На его месте в 1748-1764 гг. возвели новую церковь, которая внешне походила на костел Святого Карла, который находился в Вене. Проект нового здания разработал поляк голландского происхождения Ян де Витте, архитектор, военный инженер.
Внутри святыни находятся надгробия, представляющие архитектурную ценность. Например, графини Дуниной-Борковской – создал плиту скульптор из Дании Бертель Торвальдсен в 1816 году. Также в храме стоит памятник Артуру Гротгеру, который был известным польским художником.
Во времена СССР в соборе был склад, а в 1970-м – Музей религии и атеизма, где часто демонстрировали фильмы на тему атеизма. Ну а с 1990-х гг. Доминиканский собор стал храмом Святой Евхаристии и обрел большую популярность среди интеллигенции.
