Рядом с опасным для кораблей местом, на берегу Черного моря, где соединяются подводные течения из пролива Босфор и Керченского пролива, в 1792 году был основан военный пункт Санджак, который состоял из землянки и сторожевой башни, где размещались солдаты, несшие службу. Чтобы предупреждать корабли, днем на башне вывешивались морские флаги, а ночью – сигнальные фонари, что и послужило прообразом маяка.
Санжейский маяк был основан в 1921 году и выполнял свои функции до начала войны в 1941-м. Позднее башню снесло в воды Черного моря и в 1956 году было принято решение построить новый Санжейский маяк.
Из-за сильного размытия берега в конце 2010 года здание маяка было перенесено на 80 метров от береговой линии.
