Поруч з небезпечним для кораблів місцем, на березі Чорного моря, де з'єднуються підводні течії з протоки Босфор і Керченської протоки, у 1792 році був заснований військовий пункт Санджак, який складався із землянки і сторожової вежі, де розміщувалися солдати, що несли службу. Щоб попереджати кораблі, вдень на вежі вивішувалися морські прапори, а вночі – сигнальні ліхтарі. Це й стало прототипом маяка.
Санжейський маяк був заснований у 1921 році і виконував свої функції до початку війни у 1941-му. Пізніше вежу знесло у води Чорного моря і у 1956 році було прийнято рішення побудувати новий Санжейський маяк.
Через сильне розмивання берега у кінці 2010 року будівлю маяка було перенесено на 80 метрів від берегової лінії.
