Соорудили его при содействии Киевского митрополита Исайи Копинского и княгини Раины Вишневецкой, которая была сестрой Петра Могилы. Считается, что монастырь существовал еще во времена Киевской Руси. Главное сооружение комплекса – Спасо-Преображенский собор возвели в 1692 году за средства гетманов Самойловича и Мазепы по проекту архитектора Иоганна-Баптиста Зауэра. Последний известен благодаря проектированию Троицкого собора в Чернигове.
Здание имеет богатые лепнины с растительным орнаментом и является отличным образцом архитектуры казацкого барокко. Трехъярусную колокольню в стиле классицизма построили уже в 1785 году. По легенде это было излюбленное место патриарха Цареградского — Афанасия Лубенского, отнесенного к лику святых. Считается, что его мощи, которые к началу 20 века размещались в монастыре, обладают чудодейственной силой.
На территории Мгарского монастыря также находится церковь Святого Афанасия, дом игумена и кельи 18 века, которые создавали скит, при котором действовала Благовещенская церковь.
В 1622 году Исайя Копинский создал здесь братство для противодействия обращению населения в католицизм. В 17 веке жителями монастыря были преимущественно казаки, в том числе и сын Богдана Хмельницкого Юрий.
Мгарский монастырь облюбовали многие гетманы и культурные деятели, которые часто здесь бывали и делали пожертвования на его развитие, в частности, Людвиг Дант, принц Гессен-Гамбургский, Петр I, А. Пушкин, Т. Шевченко и другие.
В 1919 году советские власти расстреляли жителей монастыря, а помещения стали использовать для разных нужд. В частности, во времена СССР здесь была детская колония, дисциплинарный батальон, военные склады и детский лагерь. Монастырь возродили только в 1993 году.
