У 1900 році Микола Васильович остаточно оселився у маєтку “Відрада” у селі Яківці, що нині є частиною Полтави. Маєток дістався родині від родичів дружини Скліфосовського. Тут був сад, що називали “Полтавською Швейцарією” та одна з перших броварень.
Тут, на Полтавщині, видатний лікар помер від інсульту у віці 68 років. Очевидно, що його здоров’я було підкошено численними трагічними подіями в сімейному житті. Перша дружина лікаря померла у 24 роки. Майже всі із сімох дітей загинули у досить молодому віці. Зокрема, син Володимир закінчив життя самогубством. За іншими відомостями – помер від туберкульозу, як і його брат Костянтин. Саме могилу Володимира можна побачити поряд із могилою батька.
Після смерті Скліфосовського залишалися живими друга дружина Софія та донька Тамара. Однак жінок жорстоко вбили більшовики у 1919 році. Їх не врятував навіть папір, підписаний Леніним, який засвідчував факт, що на родину Скліфосовського репресії не поширюються. Понівечені тіла жінок декілька днів не дозволяли поховати. І досіі невідомо, де знаходяться їх могили.
