Початкова назва пов'язана из привезеною перед початком будівництва з Візантії до Києва іконою Божої Матері «Пирогощі» (від грецького слова «пірготіс» – баштова, так називалися ікони із зображенням веж або розміщені в баштах монастирських стін). За переказами, писав цю ікону сам євангеліст Лука на дошці від столу з Сіонській світлиці, де відбулася таємна вечеря. Згадана в «Слові о полку Ігоревім» церква Богородиці «Пирогощі» являла собою невеликий тринефний однокупольний храм. Стіни склепіння були прикрашені фресками, підлога – лазурованнимі і мозаїчними плитами.
Під час занепаду Києва церква змінила назву на Успенську. У 1613-33 рр., коли Софійський собор перебував в руках уніатів, вона стала митрополичим соборним храмом – цитаделлю православ'я.
При храмі функціонували школа, сирітський притулок і лікарня для незаможних. У 1770-х рр. відомий архітектор Іван Григорович-Барський перебудував церкву в стилі українського бароко і звів біля неї дзвіницю. У 1935 р. церкву зруйнували. І лише в кінці 1990-х рр. в результаті розкопок, проведених українськими археологами в 1976 р., церкву відродили і повернули їй початкову назву.
