Изначальное название связано с привезенной перед началом строительства из Византии в Киев иконой Божьей Матери «Пирогощи» (от греческого слова «пирготис» — башенная, так назывались иконы с изображением башен или размещенные в башнях монастырских стен). По преданию, писал эту икону сам Евангелист Лука на доске от стола из Сионской горницы, где состоялась тайная вечеря. Упомянутая в «Слове о полку Игореве» церковь Богородицы «Пирогощи» представляла собой небольшой трёхнефный однокупольный храм. Стены свода были украшены фресками, пол — глазурованными и мозаичными плитами.
Во время упадка Киева церковь сменила название на Успенскую. В 1613—33 гг., когда Софийский собор находился в руках униатов, она стала митрополичьим соборным храмом — цитаделью православия.
При храме функционировали школа, сиротский приют и больница для неимущих. В 1770-х гг. известный архитектор И.Григорович-Барский перестроил церковь в стиле украинского барокко и возвел возле нее колокольню. В 1935 г. церковь разрушили. И лишь в конце 1990-х гг. на основании результатов раскопок, произведенных украинскими археологами в 1976 г., церковь возродили и возвратили ей изначальное название.
