Михайлівська церква відновлена полковником Ф. Лободою в 1646-66 рр. на місці знищеного монголами Михайлівського собору XI ст., в якому ховали перяславських князів.
Контури зруйнованого храму викладені каменем по периметру церкви, а оригінальні фундаменти можна оглянути в павільйоні музею архітектури Переяслава. На території монастиря встановлено пам'ятний знак на честь давньоруського літописця Сильвестра, одного з авторів "Повісті временних літ".