История этого места началась в XVIII в., когда Петр Могила построил здесь храм в честь Иоанна Нового, Сочавского и основал загородный скит Лавры. Пустынь стала летней резиденцией Киевских Митрополитов.
В 1845 г. свт. Филарет (Амфитеатров) построил каменный храм с двумя приделами: Трех Святителей и Иоанна Сочавского. В 1910-1912 гг. был построен храм в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник». Кроме храмов, в Голосеево находились: летний дом Митрополитов с домовым храмом прп. Иоанна Многострадального, гостиница, главный хоз. двор Лавры и др. постройки.
Пустынь упразднила советская власть в 1926 г. когда были разрушены все храмы. В 1993 г. обитель открыли как скит Лавры. В том же году были обретены мощи прп. Алексия Голосеевского, Киевского. Открыт храм Иоанна Многострадального.
В усыпальнице под храмом Божией Матери с 2006 г. хранятся мощи матушки Алипии. Блаженная старица имела при жизни дар исцеления, и даже после своей смерти она помогает больным.
